Amb l'establiment del Règim Liberal l'Administració va substituir l'Església en el control de les fundacions benèfiques creades al llarg de l'Antic Règim en forma de germandats, confraries, obres piadoses, hospitals, etc. La intervenció estatal en l'àmbit benèfic va quedar regulada per la Llei General de Beneficència, de 20 de juny de 1849 (derogada de forma definitiva per la Llei 30/1994 de Fundacions), que en l'article 5 creava les Juntes Provincials de Beneficència i en els pobles les Juntes Municipals. Estes Juntes Provincials tenien a càrrec seu el control i inspecció tant de la gestió dels establiments públics, com de les actuacions, béns i recursos de les institucions benèfiques de fundació particular, amb la facultat per a suspendre els patrons si cometien faltes greus, rebre els comptes i pressupostos de tots els establiments i proposar al Govern l'aprovació de tots els reglaments dels establiments benèfics.

Les Juntes Provincials de Beneficència es van configurar com a organismes col·legiats de caràcter institucional presidits pel cap polític i formats pel bisbe, dos membres del capítol catedralici, un diputat provincial, un conseller provincial, un metge, un patró d'institució benèfica i dos vocals anomenats pel Govern a proposta del cap polític. Esta Llei va ser desenvolupada pel Reglament de 14 de maig de 1852, que encarregava a les Juntes Provincials el govern dels establiments provincials de beneficència (article 38).

El Decret de 4 de novembre de 1868 va suprimir la Junta General de Beneficència, declarant cessants tots els seus empleats. Este Decret es completava amb un altre, de 17 de desembre del mateix any, que suprimia les Juntes provincials i municipals, encomanant les seues funcions respectivament a les Diputacions i als Ajuntaments (article 2).

No obstant això, les Juntes Provincials de Beneficència reapareixeran prompte, encara que investides d'un caràcter molt distint. En efecte, el Decret de 30 de setembre de 1873, pel seu article 3 torna a crear les Juntes Provincials i Municipals de Beneficència, però restringint la seua actuació a l'àmbit de la beneficència particular. La beneficència pública continuarà encomanada a les diputacions provincials. Esta distinció entre beneficència pública i privada es mantindrà amb caràcter definitiu fins a l'actualitat.

El Reial Decret de 14 de març de 1899 i la seua instrucció van fixar definitivament el funcionament de les Juntes Provincials de Beneficència i les funcions de l'Estat sobre la beneficència particular, és a dir, sobre «totes les institucions benèfiques creades i dotades amb béns particulars i el patronatge i administració de les quals van ser reglamentats pels respectius fundadors» (article 4). El mateix reial decret aprova una instrucció adjunta, que serà la norma fonamental de funcionament de les Juntes Provincials de Beneficència durant quasi cent anys. L'article 14 els encomana una llarga llista de funcions. El conjunt legislatiu format pel reial decret i la instrucció que el complementava es van convertir en la norma bàsica per a l'exercici de les funcions de control que l'Estat assumia respecte de les fundacions privades de Beneficència, exercides a través de les Juntes Provincials.