La Casa Hospici de la Mare de Déu de la Misericòrdia es va construir en virtut de les deliberacions preses pel Consell General de la Ciutat al mes de juliol de 1670, que volia evitar la «vagancia y mal entretenimiento» dels pobres d'ambdós sexes. El seu objecte era albergar, educar i ocupar els pobres de la ciutat. Inaugurada el 25 març de 1675, per al seu govern i administració es va nomenar una junta d'administradors, entre els quals hi havia l'arquebisbe. Es va modificar la seua composició en 1719 i, posteriorment, en 1846. Per al règim interior de la Casa es triava cada any un clavari, que tenia amplis poders per contractar, prendre possessions, pagar, signar tota classe d'escriptures i documents, i havia de tenir a seu càrrec tot el govern domèstic de la Casa.

Quant als xiquets i xiquetes, se'ls recollia i se'ls proporcionava la deguda educació i formació moral fins que tingueren edat i salut suficient per a guanyar-se el pa. A les xiquetes se’ls orientava al servici domèstic i als xiquets se'ls buscava ofici, procurant que fora de la seua elecció. Els asilats feien treballs i labors els ingressos dels quals es destinaven a la institució, a excepció d’una vuitena part que era la que rebien ells.

Amb el pas del temps, com a conseqüència de l'extinció del càrrec de Pare d'Orfes en 1793, estos van ser recollits a la Casa de Misericòrdia, on a més van passar a ingressar els expòsits en complir els set anys. Tot això va convertir este establiment, no solament en un centre de misericòrdia, sinó també d'educació, per la qual cosa calgué nomenar mestres d'instrucció.

Esta institució es va veure afavorida per multitud de privilegis atorgats per diversos reis al llarg dels segles. Gràcies a estos, i a les moltes almoines particulars, va gaudir d'una època d'abundància de recursos, i bona prova d'això és el gran nombre d'acollits que va mantenir. També ha passat situacions molt difícils en èpoques crítiques, sobretot durant la invasió napoleònica, experimentant en els anys posteriors un període de decadència.

Amb la Llei de Beneficència de 1849, va passar a dependre de la Junta Provincial de Beneficència i va cessar el patronatge a càrrec de l'arquebisbe de la diòcesi. En suprimir-se en 1868 l'esmentada junta, va ser la Diputació la que va assumir la direcció i l'administració, sent el seu primer director el diputat provincial Joaquín Pardo de la Casta. La Diputació, des que es va fer càrrec i sense que perdera el seu caràcter, va anar introduint algunes modificacions en el seu règim interior adaptant-lo a les exigències de l'època. Es va intensificar la tasca escolar i es van establir els tallers de fusteria, sabateria, teixits, sastreria, espardenyeria, taller de costura, etc.

El 1902 la Diputació Provincial va acordar que es traslladaren a esta Casa els xiquets i xiquetes procedents de la Borderia, de tres a set anys d'edat. A principis dels anys 50 els ancians albergats van ser remesos a diferents asils i la Diputació va destinar exclusivament seus establiments benèfics a la població infantil consagrant tot l'esforç a la seua formació docent i professional. Després de la inauguració del nou edifici en 1954, la Casa va adquirir el caràcter d'Escola de Formació Professional, la qual tenia com a objecte instruir en un ofici a xiquets des dels 7 anys en els seus amplis tallers. D'acord amb el Pla Provincial de Beneficència de 1951, la Congregació de Fills de la Sagrada Família va passar a regir la institució, comunitat que va substituir les Germanes Carmelites de la Caritat, que van ser les encarregades des de 1857 del govern interior de la Casa.

Este establiment va estar funcionant fins a 1981, any en què els nous criteris relatius a l'assistència social van determinar que els xiquets havien d'estar en pisos, atesos per educadors. Sempre ha mantingut el mateix nom, exceptuant el període de 1936 a 1939 en què va passar a anomenar-se Institut d'Assistència Social Gabriela Mistral.