La Casa Hospicio de Nuestra Señora de la Misericordia se construyó en virtud de las deliberaciones tomadas por el Consejo General de la Ciudad en el mes de julio de 1670, que quería evitar la "vagancia y mal entretenimiento" de los pobres de ambos sexos. Su objeto era albergar, educar y ocupar a los pobres de la ciudad. Inaugurada el 25 de marzo de 1675 para su gobierno y administración se nombró una Junta de administradores, entre los que estaba el arzobispo. Se modificó su composición en 1719, y posteriormente en 1846. Para el régimen interior de la Casa se elegía cada año un clavario, que tenía amplios poderes para contratar, tomar posesiones, pagar, firmar toda clase de escrituras y documentos, y debía tener a su cargo todo el gobierno doméstico de la Casa.

En cuanto a los niños de ambos sexos se les recogía y se les proporcionaba la debida educación y formación moral hasta que tuvieran edad y salud suficiente para ganarse el sustento. A las niñas se las orientaba al servicio doméstico y a los niños se les buscaba oficio, procurando que fuera de su elección. Los asilados realizaban trabajos y labores cuyos ingresos se destinaban a la institución salvo una octava parte que era la que recibían ellos.

Con el paso del tiempo y como consecuencia de la extinción del cargo de Padre de Huérfanos, en 1793, estos fueron recogidos en la Casa de la Misericordia, donde además pasaron a ingresar los expósitos al cumplir los siete años. Todo ello convirtió a este establecimiento no solo en un centro de misericordia, sino también de educación, por lo que hubo que nombrar maestros de instrucción.

Esta institución se vio favorecida por multitud de privilegios otorgados por diversos reyes a lo largo de los siglos. Gracias a éstos, y a las muchas limosnas particulares, gozó de una época de abundancia de recursos, y buena prueba de ello es el crecido número de acogidos que mantuvo. También ha pasado  situaciones muy difíciles en épocas críticas, sobre todo durante la invasión napoleónica, experimentando en los años posteriores un periodo de decadencia.

Con la Ley de Beneficencia de 1849, pasó a depender de la Junta Provincial de Beneficencia, y cesó el patronazgo a cargo del arzobispo de la diócesis. Al suprimirse en 1868 la mencionada Junta, fue la Diputación la que asumió la dirección y la administración, siendo su primer director el diputado provincial Joaquín Pardo de la Casta. La Diputación, desde que se hizo cargo y sin que perdiera su carácter, fue introduciendo algunas modificaciones en su régimen interior adaptándolo a las exigencias de la época. Se intensificó la labor escolar y se establecieron los talleres de carpintería, zapatería, tejidos, sastrería, alpargatería, taller de costura, etc.

En 1902, la Diputación Provincial acordó se trasladaran a esta Casa los niños de ambos sexos procedentes de la Inclusa, de tres a siete años de edad. A principios de los años 50 los ancianos albergados fueron remitidos a distintos asilos y la Diputación destinó exclusivamente sus establecimientos benéficos a la población infantil consagrándole todo el esfuerzo a su formación docente y profesional. Tras la inauguración en 1954 del nuevo edificio, la Casa adquirió el carácter de Escuela de Formación Profesional, la cual tenía como objeto instruir en un oficio a chicos desde los 7 años en sus amplios talleres. De acuerdo con el Plan Provincial de Beneficencia de 1951,  la Congregación de Hijos de la Sagrada Familia pasó a regir la institución, comunidad que sustituyó a las Hermanas Carmelitas de la Caridad, que estuvieron encargadas, desde 1857, del gobierno interior de la Casa.

Este establecimiento permaneció funcionando hasta 1981, año en que los nuevos criterios relativos a la asistencia social determinaron que los niños debían estar en pisos, atendidos por educadores. Siempre ha mantenido el mismo nombre, exceptuando el período de 1936 a 1939 en el que pasó a llamarse Instituto de Asistencia Social Gabriela Mistral.