El origen de la Casa de Misericordia se remonta a 1670, momento en el que el Consell General debatió por primera vez la creación de una institución de estas características. Se barajaron dos opciones para su ubicación, el Hostal de la Sangre, situado junto al convento de San Francisco, o la Morería, a espaldas de la iglesia de San Miguel. Finalmente el 7 de octubre de 1670, el Consell decidió que se levantara en la Morería, tanto por ser la propuesta apoyada por el arzobispo, al que correspondía en buena medida la subvención de las obras y el mantenimiento de la institución con sus limosnas; como por su ubicación fuera de la ciudad.

Se procedió a la compra de casas, huertos y solares sobre cuyos terrenos se edificó el hospicio. Y por acuerdo del Consell General de 11 de marzo de 1675 se le dio el nombre de Casa de Nuestra Señora de la Misericordia y de Todos los Santos.

En el siglo XVIII la Casa de Misericordia fue ampliada por el Arzobispo Mayoral, uno de los arzobispos valencianos que más contribuyó, junto a Francisco Fabián y Fuero, a la mejora y mantenimiento de este centro asistencial.
Con el paso de los años las tareas de beneficencia pasan a considerarse competencia de las instituciones públicas. De hecho desde 1858 la Casa de Misericordia pasó a estar bajo gobierno de la Diputación Provincial, que desde ese momento se encargó de recoger en su presupuesto una partida para el sostén del establecimiento.
A partir de entonces se iniciaron importantes reformas, tanto en el orden moral como material, gracias a los esfuerzos de varios de sus directores. Destaca la labor del Marqués de Cruilles que al tomar posesión de la dirección estudió con detenimiento el estado y necesidades del centro de acuerdo con el arquitecto provincial, Joaquín Mª Belda. Ambos trazaron un plan general de obras encaminado a proporcionar a las dependencias más luz, más desahogo y ventilación, mejor seguridad y distribución de espacios, etc. En el primer tercio del siglo XX el recinto  y Casa de la Misericordia se describía así:

“Se halla situado en el ámbito de la ciudad de Valencia correspondiente a la parte posterior de la Iglesia de San Miguel, que da su nombre a la Plaza, quedando señalado el edificio con el número 4. Ocupa una superficie de 25.597,81 m2. Su altura alcanza 16 m. Consta de planta baja, dos pisos y extensos desvanes, cuenta asimismo con sótanos abovedados.
Sus lindes son: por delante, plaza de San Miguel, calle de San Dionisio y huerto de las Siervas de María; Norte, el Convento de estas, fachada y casa de la calle de la Corona; Poniente, calle y casa de Guillén de Castro y por el Sur, casas de la calle de Cuarte.” Fuente: Memoria de la Casa de Misericordia, 1941

Otra fecha importante en la historia del edificio fue 1947. Este año se terminó el estudio y proyecto de construcción de un nuevo edificio para la Casa de la Misericordia con una Granja Modelo anexa a la misma, en la Partida de San Miguel de Soternes, en los terrenos que este establecimiento poseía en dicho término.

En 1948 se sacaron a pública subasta las obras, que fueron adjudicadas al contratista Antonio Picó. Acto seguido se iniciaron los trámites de expropiación de los terrenos colindantes necesarios para su instalación.

El nuevo edificio de la Misericordia se construyó, con los fondos conseguidos tras la subasta del viejo solar, cerca de la Avenida de Castilla, hoy Avenida del Cid. Las obras fueron supervisadas por el arquitecto provincial Lluís Albert Ballesteros. A principios de 1949 el establecimiento fue trasladado, con carácter provisional, mientras durasen las obras de la nueva Casa, desde su antigua sede de la plaza de San Miguel, al antiguo Seminario Mayor, de la calle Trinitarios,

El 27 de mayo de 1952 se transformó en Escuela de Formación Profesional, a cargo de la Congregación de Hijas de la Sagrada Familia, siendo inaugurada el 10 de octubre de 1952 por Carmen Polo de Franco. El establecimiento permaneció funcionando hasta 1981, en que los nuevos criterios relativos a la asistencia social, determinaron que los niños no debían estar en centros asistenciales, sino que debían estar en pisos atendidos por educadores.

Iglesia de la Casa Hospicio de Misericordia.
El centro del antiguo edificio, alrededor del cual se organizaban todas las dependencias, era la pequeña iglesia-capilla, núcleo y eje principal de la Casa. Sus dimensiones con el paso de los años se mostraron insuficientes para contener a la mitad de los 800 pobres que albergaba el centro y mucho menos a las numerosas personas que acudían diariamente a la iglesia. Por ello, en 1864, la Junta Directiva de la Casa decidió renovarla y ampliarla. Pero tras varios proyectos Juan Piñol, nuevo director de la Casa, optó en 1870 por derribar la antigua capilla y ampliar su espacio a fin de poder construir un “templo espacioso y digno de la importancia del Establecimiento”.

El 25 de octubre de 1875 se colocó la primera piedra de la nueva iglesia con la presencia de autoridades, bajo la dirección del arquitecto Joaquín Mª Calvo. Un año más tarde el nuevo director, el Marqués de Cruilles, reformó el proyecto y organizó rifas para conseguir fondos con los que sufragarlo. Rifas que fueron suprimidas por la ley de 31 de diciembre de 1881.

En enero de 1883 le sustituyó en la dirección Eduardo Berenguer, que reactivó las obras y logró su terminación en seis meses quedando desde entonces abierta al culto. La antigua Casa de Misericordia fue derribada en 1949 por su traslado a una nueva sede más acorde a los tiempos, salvándose únicamente la iglesia; que no obstante se vio sometida a un continuo deterioro por su abandono, lo cual afectó especialmente a las vidrieras que desaparecieron casi en su totalidad. Finalmente fue cedida a los religiosos mercedarios, constituyéndose en parroquia con el nombre de Nuestra Señora del Puig, siendo bendecida e inaugurada el 22 de abril de 1956.